Auch über seine politische Arbeit hinaus macht sich Bürgermeister Werner Arndt für das soziale Engagement in Marl stark. In verschiedenen Funktionen ist er ehrenamtlich in einer Reihe von Vereinen und Verbänden aktiv.
Das „Internationale Bildungs- und Begegnungszentrum“ (kurz: Intercent), das insbesondere Menschen mit Migrationshintergrund und neuzugewanderte Menschen fördert, leitet Werner Arndt als 1. Vorsitzender.
Viele Marlerinnen und Marler kennen Werner Arndt als Unterstützer eines offenen Europas und als Freund der Städtepartnerschaften. Als Vorsitzender des Städtepartnerschaftsvereins Marl-Kuşadası setzt er sich für den deutsch-türkischen Austausch ein. Die weiteren Marler Städtepartnerschaftsvereine (Marl-Bitterfeld, Marl-Creil-Pendle und Marl-Zalaegerszeg-Krosno) unterstützt Werner Arndt als langjähriges Vereinsmitglied.